За інформацією сайту “Уездные новости”, від початку 20-х років ХХ століття в пам’ятці архітектури розташовується архів. Місцеві науковці стурбовані не лише станом будівлі, але і станом архівних документів, адже у приміщенні немає елементарного опалення, вікна повибивані, а стіни роз’їдає грибок.
За словами завідувача Музею рідкісної книги у Ніжинському державному університеті імені Миколи Гоголя Олександра Морозова, в інтер'єрі храму збереглися розписи ХVIII-XIX століть. Але чи надовго?!
– У 1920-х роках храм передано для розташування архіву, – пояснює науковець. – Від того часу його використовують як сховище для документів. До речі, архів у будівлі зберігається без належних умов – немає не те що системи клімат-контролю або температурно-вологісного режиму, а й навіть звичайного опалення! Шибки повибивані, грибок роз’їдає стіни…
Відомо, що церква Святого Іоанна Богослова перебуває на балансі Чернігівської облдержадміністрації. Близько 20 років поспіль влада безуспішно проводить пошуки приміщення для перенесення архіву. Доки шукають, унікальна пам’ятка українського бароко руйнується.